Le travail scientifique du Dr Florence Bergeaud-Blackler consiste à promouvoir des recherches et informer sur l'idéologie diffusée par les mouvements issus ou liés à la confrérie des Frères musulmans et de leurs alliés dans les sociétés sécularisées. Par ses recherches et analyses elle contribue au débat public et apporte des propositions opérationnelles concrètes.